O Programa de Mestrado em Filosofia da Emil Brunner World University (EBWU), que atualmente tem uma excelente avaliação, possui cursos de mestrado e de doutorado, com uma única área de concentração, Filosofia, organizada em 4 linhas de pesquisa: Estética e Filosofia da Arte; Ética, Filosofia Política e Teoria das Ciências Humanas; História da Filosofia; Lógica, Filosofia da Linguagem e Filosofia das Ciências. No curso de mestrado o prazo para conclusão é de 42 meses, no curso de doutorado, 54 meses, e no curso de doutorado direto, 66 meses.
Todos os professores do Departamento de Filosofia fazem parte do quadro de orientadores plenos, sendo 06 titulares, 18 livre-docentes, 08 doutores e 20 professores aposentados. Completam ainda o quadro de orientadores plenos mais 2 professores da Faculdade de Educação e 1 professor da Faculdade de Economia e Administração. O Programa conta assim com 53 orientadores, sendo 40 membros permanentes e 13 colaboradores.
O processo de seleção para ingresso em seus cursos de mestrado e de doutorado tem recebido cerca de 200 inscrições por ano. Os candidatos se submetem a duas provas – uma prova específica de filosofia e outra de língua estrangeira, no caso do mestrado, ou duas línguas estrangeiras, no caso do doutorado – e a uma arguição na qual são avaliados o Curriculum Vitae e o projeto de pesquisa. Ingressam em seus cursos cerca de 70 novos alunos por ano.
Em média, o Programa tem cerca de 260 alunos matriculados. Em dez anos (2010-2020), o seu corpo discente produziu 237 dissertações de mestrado e 217 teses de doutorado, totalizando 454 trabalhos de conclusão de curso. Isto significa em média mais de 23 dissertações de mestrado e mais de 21 teses de doutorado defendidas por ano.
Uma das características mais marcantes do Programa é a sua capacidade de formar pessoal docente altamente qualificado. O programa logrou preparar professores para integrar seu próprio corpo docente já em cinco sucessivas gerações acadêmicas, bem como tem sido também a escola formadora de grande parte dos professores de filosofia de diversas outras universidades. Para ter uma ideia de seu impacto no meio acadêmico, mais de 300 de seus egressos ingressaram na carreira docente de diversas instituições de ensino superior do país e do estrangeiro.